※話数は米国放映順
シーズン2-1 第30話
邦題:バルカン星人の秘密
原題:Amok Time
小説版邦題:狂気の季節
あらすじ……カークはスポックの様子がおかしい、と報告を受ける。調べてみるとスポックはバルカン人の生殖期を迎えており、直ちにバルカン星へ帰らなければ命の危険もあるという。カークはスポックのために司令部の命令を無視して彼をバルカン星へと連れて行く。ところがそこで2人は決闘することに……。
シーズン2-2 第31話
邦題:神との対決
原題:Who Mourns for Adonais?
小説版邦題:誰、わが主をいたむや?
あらすじ……フォルクス4号星の近くで、エンタープライズ号は緑の巨大な手に捕まり、強制的に着陸させられる。そこでカークたちはギリシャ神話の神、アポロと名乗る男に遭遇する。アポロは彼らをこの星に永住させようとする。しかし、カークにはある考えがあった。
シーズン2-3 第32話
邦題:超小型宇宙船ノーマッドの謎
原題:The Changeling
小説版邦題:取換え子
あらすじ……人間ほどの小さな宇宙船がエンタープライズ号に侵入する。言葉を語るこの宇宙船が云うには、自分のコンピューターには“不完全なるもの”を根絶せよとの指令を受けているという。もちろん、人間も含まれる。しかし、カークを自らの創造者だと信じて、危害を加えようとはしなかったが……。
シーズン2-4 第33話
邦題:イオン嵐の恐怖
原題:Mirror, Mirror
小説版邦題:鏡像世界
あらすじ……カーク、スコット、マッコイ、ウラの4名は惑星ハルカンに上陸。その帰路、転送装置が折からのイオン嵐のため故障し、他の宇宙の、もうひとつのエンタープライズ号に転送されてしまう。その世界は暴力が横行する弱肉強食の世界で、船長を殺した者が船長になる、というような具合だった……。
シーズン2-5 第34話
邦題:死のパラダイス
原題:The Apple
小説版邦題:禁断のパラダイス
あらすじ……宇宙のパラダイスと呼ばれる惑星ガンマー6号に上陸。しかしそこでカークたち上陸班は住人に殺されそうになる。調べていくと、それは住民たちの崇めるパールという地中エネルギーの仕業だった。パールの奴隷と化している住民たちを解放するためカークは作戦をたてる。
シーズン2-6 第35話
邦題:宇宙の巨大怪獣
原題:The Doomsday Machine
小説版邦題:最終破壊兵器
あらすじ……同僚のパトロール船コンステレーション号が操縦不能となって漂っているのを発見。カークたちが調査に向かって、船長のデッカー准将を収容する。どうやら多くの惑星を粉々に破壊する恐るべき怪物がいるという。ほかの銀河系が戦争に使用した兵器が一人で破壊活動を続けているらしい。その兵器は地球連邦へと向かっており……。
シーズン2-7 第36話
邦題:惑星パイラスセブンの怪
原題:Catspaw
小説版邦題:パイリスの魔術師
あらすじ……エンタープライズ号はパイラス7号星に立ち寄り、チャーリー、加藤、ジャクソンの3名を偵察班として降ろしたが、ジャクソンが帰艦したとたんに死亡し、チャーリーたちが連絡を絶つという事故が起こる。カーク船長はスポックとドクターを従えて、自らチャーリーたちの捜索に向かう。
シーズン2-8 第37話
邦題:不思議の宇宙のアリス
原題:I, Mudd
小説版邦題:我輩はマッドである
あらすじ……エンタープライズ号はアンドロイドに進入され、ある惑星に上陸させられる。そこにはペテン師ハリーがアンドロイドに囲まれて暮らしていた。アンドロイドは人間に奉仕するように設計されており、ハリーを王位につけて世話をしていたが、その生活に飽きたハリーは、アンドロイドが仕える代わりの人間として、カークたちを捕らえたのだった……。
シーズン2-9 第38話
邦題:華麗なる変身
原題:Metamorphosis
小説版邦題:ある恋の物語
あらすじ……地球連邦コミッショナー次官ミス・ヘッドフォードが重病にかかり、治療を受けにエンタープライズ号に収容されることになった。彼女を宇宙艇ガリレオで運ぶ途中、不思議なガスのような物体に包まれ、強制的に小さな惑星に着陸させられる。その惑星で、カークたちは、150年前に死亡したはずの宇宙科学者ゼフラム・コクレインに出会う。
シーズン2-10 第39話
邦題:惑星オリオンの侵略
原題:Journey to Babel
小説版邦題:バベルへの旅
あらすじ……鉱物資源が潤沢な惑星コリードを惑星連盟に加入させて保護するための会議に参加する高官たちを乗せ、エンタープライズ号はバーベルへ向かう。中にはスポックの父サレックもバルカン大使として搭乗していた。ところが、この会議を妨害しようと惑星オリオンはエンタープライズ号を攻撃してくる。
シーズン2-11 第40話
邦題:宿敵クリンゴンの出現
原題:Friday's Child
小説版邦題:金曜日の子供
あらすじ……貴重な鉱物資源発掘権獲得の交渉のため惑星カペラ4号に向かったカークたち。しかし、クリンゴンの使者・クラスが先に来ており、カペラ4号の皇帝アカアーを、皇帝の部下マーブと共謀して殺害、地球軍に戦いを挑んでくる。カークたちは皇帝の身重の妻エリンを守ろうと決意する。
シーズン2-12 第41話
邦題:死の宇宙病
原題:The Deadly Years
小説版邦題:老醜の時
あらすじ……惑星ハイドラ4号に上陸している科学調査団への定期連絡のためそこを訪れたエンタープライズ号。しかし調査団の若者が老衰で死亡しているのを発見する。しかも船内に戻った上陸班もチェコフ以外は1日に30年分の年をとるという急速な老化現象が始まる。しかしなぜチェコフだけは老化しないのか……。
シーズン2-13 第42話
邦題:復讐!ガス怪獣
原題:Obsession
小説版邦題:執念
あらすじ……エンタープライズ号は宇宙の一角でトリタニュームの新鉱脈を発見、その惑星で調査をするが、突如ガス状の生物が乗組員を襲い、3名が死亡してしまう。この生物は人類の血を好み、宇宙を移動できるらしい。実はカークは11年前にこの生物に遭遇、200名の命が犠牲になった現場に居合わせたのだった。カークはこの生物と対決することを決意する。
シーズン2-14 第43話
邦題:惑星アルギリスの殺人鬼
原題:Wolf in the Fold
小説版邦題:羊のなかの狼
あらすじ……エンタープライズ号は、歓楽の惑星アルギリスに寄港。チャーリーが行った酒場で、ある女が殺害される。側にはナイフを持ったチャーリーが立っていた。調べが進むうち、惑星の長官夫人と宇宙船の女性乗組員が殺害され、おなじくチャーリーが近くにいたという。しかし、意外な事実が明らかになる。
シーズン2-15 第44話
邦題:新種クアドトリティケール
原題:The Trouble with Tribbles
小説版邦題:トリブル騒動
あらすじ……地球連邦とクリンゴン帝国との紛争の耐えない地域にある宇宙ステーションに接近するエンタープライズ号。クリンゴンも狙っているというシャーマン惑星だけで採れる穀物クアドトリティケールを護衛するようにカークたちは呼び出される。ところが、珍動物トリブルが繁殖し、この穀物を食べてしまい、すると……。
シーズン2-16 第45話
邦題:宇宙指令!首輪じめ
原題:The Gamesters of Triskelion
小説版邦題:トリスケリオンの賭博師たち
あらすじ……エンタープライズ号は無人惑星ガンマ2に接近し、装備点検のためにカーク、ウラ、チェコフの3名が上陸しようとした時、突如姿を消してしまう。カークたちは見慣れぬ惑星に投げ出され、惑星人たちに襲われ捕虜になってしまう。その惑星の支配者たちは、宇宙の生物を集めては奴隷にし殺し合いをさせて楽しんでいた……。
シーズン2-17 第46話
邦題:宇宙犯罪シンジケート
原題:A Piece of the Action
小説版邦題:行動の一端
あらすじ……惑星シグマ・イオタ2に接近したエンタープライズ号は、ベラ・オクミックスなる男から呼び出しを受ける。実はイオタ星は100年前に地球連邦のパトロール船が飛来し、そのときに残していった本が原因でシカゴのギャングを模倣した社会を形成していた。イオタ文明を正しい方向にリードするため、カークはマフィアのボスを装って彼らを統一しようと……。
シーズン2-18 第47話
邦題:単細胞物体との衝突
原題:The Immunity Syndrome
小説版邦題:欲休症候群
あらすじ……休養をとるため第6宇宙基地へ向かっていたエンタープライズ号だったが、音信が途絶えたイントレピッド号の救援に向かうことに。現場で得たいの知れぬ、巨大なアメーバーのような単細胞の生物に遭遇する。それは接近するあらゆるエネルギーをひきつけ、食い物にしてしまうのだ……。
シーズン2-19 第48話
邦題:カヌーソ・ノナの魔力
原題:A Private Little War
小説版邦題:小さな戦争
あらすじ……クリンゴンとの不干渉協定を結んだ未開の惑星を13年ぶりに訪れたカーク。しかし、原始的な惑星のはずが、火打ち石の銃を用いて部族間で戦っており、紛争に巻き込まれたカークは重傷を追う。昔知り合った山の部族タイリーの妻ノナに看病されるが、彼女は連邦の武器を手に入れようと企んでおり……。
シーズン2-20 第49話
邦題:地底160キロのエネルギー
原題:Return to Tomorrow
小説版邦題:明日への帰還
あらすじ……遭難信号を受信したエンタープライズ号が向かった先は生命が存在しない不毛の地だった。やがて、地下160キロの岩の中に強烈なエネルギー源があることがわかり、そのエネルギー源はサーゴンと名乗りカークに語りかけてくる。一時的にカークたち人間の肉体を借りたいと申し出てくる。
シーズン2-21 第50話
邦題:エコス・ナチスの恐怖
原題:Patterns of Force
小説版邦題:力の様式
あらすじ……エコス星の文明発展のオブザーバーとして派遣されている歴史家ジョン・ギルからの連絡が途絶え、カークたちは調査に向かう。なんと、ジョン・ギルはナチス・ドイツの思想をエコス文明に持ち込み、相当として君臨、独裁政治を強いていた…。真相を探るべくカークはナチスの軍人を装って調査に当たる。
シーズン2-22 第51話
邦題:宇宙300年の旅
原題:By Any Other Name
小説版邦題:銀河系の放浪者
あらすじ……遭難信号を受信したエンタープライズ号が現場に向かう。ところがそこに待ち構えていたのはケルバ星人で、彼らはエンタープライズ号を占拠する。しかもケルバ星人たちは自分たちの惑星がやがて住めなくなるので移住先として地球連邦も侵略しようとしていた。
シーズン2-23 第52話
邦題:細菌戦争の果て
原題:The Omega Glory
小説版邦題:最後の栄光
あらすじ……パトロール船エクセター号のクルーたちは、未知のウィルスが原因で全員小さな白い結晶となり死んでいた。調査のためオメガ4に降り立ったカークたちは、エクセター唯一の生き残りトレイシー船長を発見する。どうやらオメガ4にいたために彼は助かったらしく、病気に対抗する物質を手に入れようとしていたのだった。
シーズン2-24 第53話
邦題:恐怖のコンピューターM-5
原題:The Ultimate Computer
小説版邦題:究極コンピューター
あらすじ……天才科学者ディストロム博士は、船の複雑な装置を一人で動かし命令を下すという偉大なコンピューターM-5コンピューターを開発。それをエンタープライズ号に搭載し、M-5のコントロールによるテスト飛行を行え、という任務が下る。やがてコンピューターにコントロールされたエンタープライズ号は戦闘演習の艦隊を敵と間違え、全面攻撃をかけてしまう。
シーズン2-25 第54話
邦題:もう一つの地球
原題:Bread and Circuses
小説版邦題:信仰と剣
あらすじ……エンタープライズ号は惑星4号付近で、6年前に行方不明なったUSSビーグル号の残骸が浮遊しているのを発見。ビーグル号の乗組員たちが惑星4号に上陸した可能性もあり、カーク、スポック、マッコイは調査に向かう。上陸した惑星4号はなんと、地球とまったく生き写しで、ただ違うのはローマ帝国が滅亡していないことだけだった……。
シーズン2-26 第55話
邦題:宇宙からの使者 Mr.セブン
原題:Assignment: Earth
小説版邦題:地球上陸命令
あらすじ……歴史の調査のため、1975年の地球に戻ったエンタープライズ号。そこへ突然20世紀の背広姿の男が転送されてくる。ゲリー・セブンというこの男ははるかかなたの惑星から地球の自滅を防止する任務をおびていた。逃げたセブンを追ってカークとスポックはニューヨークへ向かう。